Prince of Persia: The Two Thrones se passa logo após o fim dos eventos de Warrior Within, onde Prince consegue matar Dahaka, assim salvando Kaileena, a Imperatriz do Tempo. O jogo começa com Prince e Kaileena prestes a desembarcar no porto da Babilônia. Kaileena tem o papel de narradora da história do jogo, enquanto ocasionalmente também fala de eventos passados, em semelhança com o papel simultâneo do Prince como protagonista e narrador em The Sands of Time.