Definir sete anos após os acontecimentos de Prince of Persia: The Sands of Time, O Príncipe encontra-se constantemente caçado por uma terrível besta conhecida como a Dahak . O príncipe pede conselho a partir de um velho sábio que explica que quem lançar as areias do tempo deve morrer. Porque o Príncipe escaparam seu destino, que é a missão da Dahaka como guardiã da Linha de tempo para garantir que ele morre como ele foi concebido para. O velho também fala da Ilha do Tempo, onde a Imperatriz do Tempo criou primeiro as Sands. O príncipe embarca para a ilha em uma tentativa de impedir que os Sands nunca ser criado, um ato que ele acredita que vai apaziguar o Dahaka. Depois de uma batalha no mar, com uma força inimiga liderada por uma mulher misteriosa em preto vira navio do príncipe, o príncipe lava em terra, inconscientemente, na Ilha do Tempo.