Esse "Force Metal" trouxe uma inovação à tecnologia Reploid, e para a mineração do "Force Metal", uma grande fábrica foi construída na ilha artificial "Gigantis".
O progresso da ilha artificial parecia estar indo bem mas… depois de um tempo, alguns dos Reploids da ilha conhecidos como o grupo "Liberion" começaram uma rebelião. O governo concluiu que o líder do grupo, General Epsilon, era um Maverick.
A equipe dos Maverick Hunters foi chamada para a ilha, mas logo na entrada uma armadilha separa X de Zero e Shadow, e este posteriormente se revela um traidor, fazendo com que X tenha que fugir saltando de cima do prédio e perdendo contato com Zero, que foi atingido pelos inimigos.
O jogo segue o estilo de RPG em que você deve andar, encontrar inimigos, destrui-los e ganhar experiência para passar de nível. O jogo conta com 10 fases que são seguidas em ordens de capítulos.