A história de Way of the Samurai tem lugar em 1878, após a queda do Tokugawa shogunate e o início da Período Meiji, Durante o Rebelião de Satsuma, Numa altura em que o samurai que foram uma vez no topo da sociedade japonesa são todos, mas fora da lei. O jogo começa com o jogador, assumindo o papel de um ronin vagando pelo nome de Kenji, chegando em um posto avançado fictícia chamada Rokkotsu Pass.